Awal mula pemerintahan desa Cilimus dan nama Cilimus menurut sejarah yang berkembang di masyarakat dan berdasarkan narasumber para ahli, sejarah desa Cilimus terdapat dua persi :
1. Persi Kukulu
2. Persi Tarikolot
Kedua persi tersebut mempunyai pendapat sejarah tersendiri dalam hal permulaan Pemerintahan Desa Cilimus. Persi pertama menganggap bahwa sebagai pusat Pemerintahan Desa Cilimus pada awalnya adalah di Blok Kukulu yang diawali oleh Pemerintah MARMAGATI, sedangkan Persi Kedua Pusat Pemerintahan diawali di blok Tarikolot yang dipimpin oleh Bapak Buyut SACAWANA. Kedua persi tersebut sulit untuk dipastikan mana kebenarannya awal mula berdirinya Desa Cilimus, daerah Kukulu atau Daerah Tarikolot yang masing-masing mempunyai Pemerintahan yang berdaulat dan mempunyai kesamaan arti yaitu Kepala atau Ketua terdahulu, bahkan dari keadaan penduduknya keduanya merupakan induk bagian dari penduduk di Desa Cilimus, di samping itu ada bagian yang lain sehingga dari itu keduanya tetap dipergunakan sebagai bahan perbandingan.
Diantara salah satu sumber menyebutkan bahwa Bapak Buyut MARMAGATI selaku penguasa Desa ini sering melakukanpembangkangan terhadap aturan-aturan yang ditetapkan oleh Keraton Kasepuhan Cirebon, selain tidak mau menyetor upeti, beliau juga sering melakukan pembegalan terhadap upeti-upeti yang akan dikirim ke Cirebon untuk dibagi bagikan ke masyarakat.
Beliau dikejar oleh pasukan Keraton Cirebon sampai akhirnya beliau hijrah ke Gunung Sirah salah satu Desa di Kecamatan Darma Kabupaten Kuningan selanjutnya menetap dan berda'wah disana sampai akhirnya wafat dan dikebumikan di Puncak Bukit Oncangan Desa Gunung Sirah (sampai sekarang makam beliau masih terawat rapih berdampingan dengan istri dan muridnya).
Namun, sejarah mencatat bahwa yang mendekati kebenaran dalam urutan Kepala Desa adalah persi Tarikolot yaitu SACAWANA. Dengan demikian maka persi Tarikolot dijadikan acuan atau patokan awal mula berdirinya Pemerintah Desa Cilimus.
Pemerintah Desa Cilimus bermula pada saat kepemimpinan Bapak SACAWANA dimana daerah sekitar Cirebon merupakan Daerah Kedaulatan keraton termasuk daerah Cilimus. Untuk daerah kekuasaan Cilimus diutuslah seorang Aparat Keraton sebagai pengelola atau sebagai pemimpin yang bernama Bapak SACAWANA.
Alkisah dalam melaksanakan tugasnya Bapak SACAWANA suka menyamun upeti yang akan disampaikan ke Keraton Cirebon oleh utusan dari daerah selatan seperti Ciamis, Tasikmalaya dan lain-lain. Barang hasil rampasan di bawa ke suatu tempat dan diberikan kepada masyarakat yang tidak mampu hingga kini tempat tersebut di kenal dengan nama CILOKLOK.
Akhirnya perbuatan dan sepak terjang beliau diketahui oleh Keraton Kasepuhan dan diberikan peringatan, namun tetap saja tidak berubah, sehingga pihak Keraton memutuskan untuk membunuh, tetapi cara itupun selalu gagal dikarenakan kesaktian bapak SACAWANA. Selanjutnya ada yang memberitahu bahwa bapak SACAWANA dapat dibunuh dengan cara bagian tubuhnya dipisah-pisahkan (mutilasi). Akhirnya bapak SACAWANA tertangkap dan dibunuh dengan cara :
- Bagian kepala dikuburkan di Desa Panauan
- Bagian dada dan perut dikuburkan di Desa Cilimus
- Bagian kaki dikuburkan di Desa Sindangkasih Kecamatan Beber Kabupaten Cirebon.
Bapak buyut SACAWANA wafat pada tahun 1880 masehi
Daerah kekuasaan Buyut SACAWANA dikenal dengan nama Cilimus, karena pada masa itu daerah tersebut banyak tumbuh pohon Embacang (yang dalam bahasa Sunda disebut Limus) di pinggir sungai. Sehingga sungai tersebut diberi nama Cibacang yang mengalir ke pusat Pemerintahan Desa Cilimus yakni Tarikolot.
Adapun orang yang pernah menjabat / memangku jabatan Kepala Desa Cilimus adalah :
1. Bapak Sacawana (.......... s/d Tahun 1880)
2. Bapak Rumsewi (1880 s/d 1887)
3. Bapak Abdul Gopar (1887 s/d 1923)
4. Bapak Karnadisastra (1923 s/d 1928)
5. Bapak Wangsaatmaja (1928 s/d 1947)
6. Bapak E.Suarja (1947 s/d 1950)
7. Bapak Jaya Sentana (1950 s/d 1956)
8. Bapak Muhammad Hasyim (1956 s/d 1969)
9. Bapak A. Pathoni Saleh (1969 s/d 1979)
10. Bapak Ending Rosyidin (1980 s/d 1981)
11. Bapak Masuri (1990 s/d 1998)
12. Bapak Masuri 2 (1999 s/d 2001)
13. Bapak Apip (2002 s/d 2006)
14. Bapak Nasihin Arjadisastra (2007 s/d 2013)
15. Bapak Otong Mulyadin (2013 s/d 2018)
Demikian sejarah singkat Desa Cilimus, semoga bisa dijadikan pengetahuan bagi putra-putri daerah, kami mengakui masih banyak kekurangsempurnaan sejarah ini dan mohon maaf kepada sesepuh Desa Cilimus apabila kurang tepat serta kurang jelas dalam menyampaikan sejarah ini.